ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ে শিক্ষার্থীদের প্রভিশনাল সার্টিফিকেট, মুল নম্বরপত্র, মুল সনদপত্র, এমফিল সাময়িক ও মূল সনদপত্র, ট্রান্সক্রিপটসহ নামে বেনামে বিভিন্নখাতে ফি বৃদ্ধি করেছে প্রশাসন। বিশ্ববিদ্যালয়ের ১৩৩ তম সিন্ডিকেট সভায় এ সিদ্ধান্ত নেয় কতৃপক্ষ। অতিরিক্ত টাকা নিলেও সনদের বা সেবার কোন পরিবর্তন হচ্ছে না বলে জানা গেছে। সিন্ডিকেট সভার সিদ্ধান্ত সূত্রে জানা যায়, গত ৬ মার্চ বিশ্ববিদ্যালয়ের ১৩৩ তম সিন্ডিকেট সভায় প্রভিশনাল সার্টিফিকেট, মূল নম্বরপত্র, মূল সনদপত্র, এমফিল সাময়িক ও মূল সনদপত্র, ট্রান্সক্রিপটসহ স্নাতক, স্নাতকোত্তর, এমফিল ও পিএইচডির সকল কাগজ উত্তোলনের ফি বৃদ্ধি করা হয়েছে। এর আগে ২০০৪ সালের ১লা জুলাই এসকল ফি নির্ধারণ করা হয়েছিল। সিন্ডিকেটের সিদ্ধান্ত অনুযায়ী প্রভিশনাল সার্টিফিকেট সাধারণ (১৫ দিনের মধ্যে) ১৫০ এবং জরুরী (৫ দিনে) ৩০০ টাকা করা হয়েছে। যা আগে ছিল ১০০ এবং ২০০ টাকা। মূল নম্বরপত্র উত্তোলনে সাধারণ ১০০ টাকার পরিবর্তে ১৫০ এবং জরুরীতে ১৫০ টাকার পরিবর্তে ২২৫ টাকা করা হয়েছে। স্নাতক বা স্নাতকোত্তর পরীক্ষার মূল সনদে সাধারণ ও জরুরীতে যথাক্রমে ১০০ এবং ১২৫ টাকা বৃদ্ধি করেছ প্রশাসন। ট্রান্সক্রিপ্টে সাধারণে ১০০ টাকা বৃদ্ধি করে ৪০০ এবং জরুরীতে ৭০০ টাকা নির্ধারণ করা হয়েছে। এদিকে এমফিল পরীক্ষার ফিতে ১০০০ এবং পিএইচডি পরীক্ষার ফিতে ১৫০০ টাকা বৃদ্ধি করেছে কতৃপক্ষ। একই ভাবে নাম সংশোধন ফি, সনদ সংশোধন ফি, ডুপ্লিকেট সনদ বা নম্বরপত্র, পরীক্ষার ফল প্রকাশের তারিখ প্রদান ফিসহ মোট ১৮ খাতে ফি বৃদ্ধি করা হয়েছে।